Odón de Buen, desde muy joven, sintió inquietudes políticas. En sus años universitarios, al sumergirse en Madrid, descubrió un modesto semanario masón, Las dominicales del libre pensamiento, uno de cuyos directores, Fernando Lozano Montes, fue el responsable de su formación política y, además, acabó siendo su suegro, puesto que se casó con una de sus hijas, Rafaela, con la que tuvo seis hijos. Fernando Lozano, militar, profesor de filosofía, promotor de la república, era el director de este periódico en el que Odón de Buen aprendió a escribir y en el que trabajó como periodista científico y como redactor y columnista durante muchos años.
Desde su juventud, inspirado por su suegro primero y dando rienda suelta a sus propios sentimientos después, defendió las ideas republicanas y progresistas en reuniones, mítines, cenas, encuentros y de todas las maneras posibles, recorriendo España de casino en casino para dar conferencias.
Santiago Ramón y Cajal, compañero de claustro y de tertulia en Barcelona, definía a Odón de Buen como “librepensador militante y republicano exaltado”, una definición bastante precisa. De Buen abrazó siempre las ideas del librepensamiento, que eran las más progresistas, dentro de la moderación, de la época, y eran la base de las logias masónicas. Fue el secretario del comité organizador de un congreso de librepensadores, con participantes de todo el mundo, que se celebró en Madrid en 1892 y cuyas sesiones se prohibieron “por atacar al dogma católico”. Durante su vida fue un asiduo participante en estos congresos, que se celebraban periódicamente en diversas ciudades de Europa. Incluso asistió a uno, en 1890, aprovechando su viaje de novios a París.
El librepensamiento era una doctrina que se basaba en la búsqueda de la verdad positiva, fuera de los dogmas religiosos, sosteniendo la razón empírica por encima de las creencias, las tradiciones, los dogmas, etcétera. Era una doctrina violentamente atacada por la Iglesia católica, porque socavaba sus principios. De hecho, De Buen tuvo a lo largo de su vida numerosos encontronazos con la jerarquía católica que, en 1895 trató, sin éxito, de expulsarle de la universidad por hablar en sus clases del darwinismo.
Militó en el partido de Nicolás Salmerón, Unión Republicana, desde cuyas filas fue concejal en el ayuntamiento de Barcelona (1901-1096) y más tarde senador, en la legislatura 1907-1909. Si Lozano había sido su ideólogo, Salmerón, de cuyos hijos había sido profesor, fue quien estableció las plataformas políticas en las que De Buen centró su acción específica como concejal y como senador. Nicolás Salmerón, uno de los cuatro presidentes de la Primera República —puesto que abandonó para no firmar una sentencia de muerte—, era un progresista moderado, masón y republicano, abogado, gran orador y catedrático de Metafísica en la Universidad Central de Madrid.
Tras la muerte de Salmerón, en 1908, De Buen no volvió a presentarse a unas elecciones —aunque hizo un modesto intento en 1933— y decidió, al mismo tiempo, volcarse en la gestión de la ciencia y en sacar adelante el proyecto de su vida, el Instituto Español de Oceanografía. Pero sus dos grandes ocupaciones desde entonces, la enseñanza y el IEO, sin olvidar sus múltiples publicaciones, no disminuyeron lo que él llamaba “mis propagandas políticas”. Su presencia en actos de todo tipo era muy frecuente, entre otras en las tenidas masónicas, los encuentros con las logias de las ciudades que visitaba y en la que dejaba siempre su mensaje librepensador y progresista, que mantuvo hasta el fin de sus días, unas ideas que podrían resumirse en el republicanismo, el librepensamiento, la justicia social y la redistribución ordenada de los bienes, el acceso de todos a la educación y a la cultura, el predominio de la ciencia a la hora de tomar decisiones sociales.
El comienzo de la Guerra Civil le sorprendió en el laboratorio de Palma de Mallorca, donde se había trasladado unos días antes. Fue encarcelado por la autoridad militar, donde pasó un año, y ahí recayó de su diabetes. Movimientos diplomáticos de sus amigos daneses e ingleses de los organismos oceanográficos internacionales consiguieron que se hiciera un canje, el 8 de agosto de 1937, entre el oceanógrafo y una hermana y una hija de Miguel Primo de Rivera.
En Valencia se reencontró con algunos de sus nietos y con su hijo mayor, Demófilo, jurista y que estaba allí con el Gobierno de la República. Otros dos hijos, Rafael y Fernando, los oceanógrafos, estaban en el frente; Sadí, médico epidemiólogo, había sido fusilado en 1936, en Córdoba; el otro médico, Eliseo, estaba preso de los fascistas en Cáceres; y el pequeño, Víctor, ingeniero, que estaba en Canarias cuando se produjo el golpe de Estado, hubo de alistarse en el ejército de Franco para sobrevivir. Los seis hijos fueron brillantes en sus respectivas profesiones, todos ellos doctores, cinco de ellos catedráticos. Demófilo, Fernando y Rafael fueron exiliados a México, en 1939, donde los acompañó Eliseo cuando le dejaron salir de España, en 1951. El único que se quedó en España, Víctor, llegó a ser el primer rector de la Universidad Politécnica de Barcelona.
Finalizada la guerra, Odón de Buen residió durante un tiempo en la localidad francesa de Banyuls sur Mer, donde comenzó a escribir sus Memorias en 1940 con setenta y seis años. En 1941 se marcho a México, en donde aún se mantuvo intelectualmente activo.
Murió en la Ciudad de México, el 2 de mayo de 1945, pensando que se acaba la guerra mundial y que podría volver a España pronto. Nunca regresó, pero en abril del 2003 sus familiares llevaron a Zuera sus cenizas.
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